電泳槽是凝膠電泳系統的核心部分，其系統的迅猛發展主要也是體現在電泳槽上。根據電泳的原理，凝膠都是放在兩個緩沖腔之間，電場通過凝膠連接兩個緩沖腔。緩沖液和凝膠之間的接觸可以是直接的液體接觸，也可以間接通過凝膠條或濾紙條。管狀凝膠電泳和垂直板狀電泳大多采取直接液體接觸方式。這種方式可以有效地使用電場，但在裝置設計上有一些困難，如液體泄漏，電安全和操作麻煩等問題。水平板狀電泳槽大多通過間接方式，用濾紙橋搭接以及最近使用緩沖液制作的凝膠條和濾紙條搭接，即半干技術，后種方式使裝置簡化，操作也大大方便。 電泳槽的使用：
1、將凝膠密封條框放在平板上，然后將凹型玻璃板與平板玻璃重疊。
2、將兩塊玻璃立起來使其底端接觸桌面，用手將兩塊玻璃板夾住放入電泳槽內，然后插入斜楔板（直面對玻璃，斜面對槽）到適中程度，即可灌膠。
3、凝膠凝結后，輕輕取下梳子。
4、用手夾住兩塊玻璃板，上提斜楔板，使其松開，然后取下玻璃膠室去掉凝膠密封框，注意在上述過程中手始終給玻璃膠室一個壓緊力，再將玻璃膠室凹面朝里置入電泳槽，插入斜楔板，將緩沖液加至內槽玻璃凹口以上，外槽緩沖液加到距玻璃上沿3mm處即可電泳，注意避免在膠室下端出現氣泡。
5、加樣時可用加樣器斜靠在提手邊緣的凹槽內，以準確定位加樣位置。蓋好上蓋，在電壓150伏以下進行電泳分離，根據指示劑位置確定電泳時間。電泳結束后，關掉電源按住本體提手打開上蓋，拔掉固定板，取出玻璃板，用刀片或薄板輕輕將玻璃夾層分開。本電泳槽同時可進行雙板電泳，如果只跑一塊膠時，需要在另外一側用單膠替代板代替玻璃。
注意事項：
1、電泳儀通電進入工作狀態后，禁止人體接觸電極、電泳物及其它可能帶電部分，也不能到電泳槽內取放東西，如需要應先斷電，以免觸電。同時要求儀器必須有良好接地端，以防漏電。
2、儀器通電后，不要臨時增加或撥除輸出導線插頭，以防短路現象發生，雖然儀器內部附設有保險絲，但短路現象仍有可能導致儀器損壞。
3、由于不同介質支持物的電阻值不同，電泳時所通過的電流量也不同，其泳動速度及泳至終點所需時間也不同，故不同介質支持物的電泳不要同時在同一電泳儀上進行。
4、在總電流不超過儀器額定電流時(zui大電流范圍)，可以多槽關聯使用，但要注意不能超載，否則容易影響儀器壽命。
5、某些特殊情況下需檢查儀器電泳輸入情況時，允許在穩壓狀態下空載開機，但在穩流狀態下必須先接好負載再開機，否則電壓表指針將大幅度跳動，容易造成不必要的人為機器損壞。
6、使用過程中發現異常現象，如較大噪音、放電或異常氣味，須立即切斷電源，進行檢修，以免發生意外事故。
